弘法大師が渡唐の途中､留学の目的達成を黒髪山[1]大権現に立願し入唐。大同元年806、帰国。 満願成就を奉告に再度黒髪山にご登嶺、自ら爪で不動像を刻し､弟子快護に託して山上に庵を作らせたのが寺の起源と伝わる｡
正保2年1645、尊覚住持が京都の大覚寺に招かれ尊性法親王の書講を勤め､その功績により大覚寺内の｢大智院｣を下賜される｡
最盛期には80を超える末寺を擁する肥前の大寺として全国に名を馳せていた。 明治11年1878大火により多くを焼失｡ 再建するにあたり､佐世保への移転を計画｡明治39年1906､現在地へ移転｡ 戦時中から戦後にかけて一時衰退したが世状の安定とともに寺運も回復し、平成18年2006、開創1200年を迎えて記念法要をおこなった。(ホームページより)
